従業員持株会の株式・持分を相続する方法｜死亡退会・持分払戻しと証券口座移管

まず「運営方式と、死亡時に発生する権利」を切り分ける

本記事は、主として日本証券業協会のガイドラインに沿って運営される、上場内国株式を対象とした従業員持株会を解説します。非上場株式の持株会、役員持株会、退職者持株会、株式給付信託・ESOP信託、譲渡制限付株式、ストックオプション等は、規約・税務・承継方法が異なります。

最初に確認する事項

「毎月コツコツ積み立てていた持株会があるはずだが、株はどこにあるのか」——。こうした株式は、証券会社に自分名義の口座を持つ通常の株式とは、相続の考え方も引き出しの段取りも異なります。

なお、持分払戻請求権や株式など相続財産の評価・相続税の申告は税理士、権利の帰属に争いがある場合は弁護士の領域です。退会・持分の計算・株式の移管・端数の精算は持株会事務局と証券会社が行います。行政書士は、戸籍に基づく相続関係資料の整理・遺産分割関係書類の作成・持株会事務局や証券会社へ提出する書類の準備を担い、これらの手続きを支援します。

従業員持株会の仕組みと、相続する「権利」の中身

従業員持株会は、社員が毎月お金を出し合ってまとめて自社株を買い付け、拠出額に応じて配分する仕組みで、全員組合員方式では民法上の組合として運営されます。

理事長が一括して保有・管理する

株式は、個々の会員名義ではなく持株会の理事長名義でまとめて管理され、証券保管振替機構（ほふり）の制度で管理されます。株主総会の招集通知の内容は理事長が会員へ周知し、議決権は原則として理事長が行使します（規約上、各会員が総会ごとに理事長へ不統一行使を指示できる仕組みが設けられます）。配当金も理事長が一括して受領・管理（多くは再投資）します。会員は、この共同保有される株式のうち拠出額に応じた持分（株数）を持っている、という関係で、会員が生前から個別の株式を直接所有しているわけではありません。

「会員資格」「持分」「株式引渡請求権」「退会精算請求権」を区別する

相続を考えるうえで大切なのは、次を分けて考えることです。

• 会員資格：持株会に参加する地位そのもの（通常、相続人には引き継がれません）
• 持分：共同保有される株式のうち、その人に配分される割合（株数）
• 持分払戻請求権：死亡による脱退にあたり、持分の払戻しを求める権利（後述の中心）
• 株式引渡請求権・退会精算金請求権：払戻しが株式で行われるか、金銭で行われるかという履行の中身

相続人が承継するのは会員資格ではなく、規約・運営方式・持分の状態に応じた、死亡脱退に伴う持分払戻請求権などの権利です。この整理が、後の手続きや相続税評価の出発点になります。

相続手続きの料金プランとサポート内容の全体像は、こちらにまとめています。

会員の死亡は「脱退」——相続するのは持分払戻請求権

全員組合員方式（民法上の組合）の場合

全員組合員方式で会員が民法上の組合員に当たる場合、民法679条により、死亡は組合からの脱退の事由です。そして民法681条により、脱退のときの組合財産の状況にもとづいて持分を計算し、出資の種類を問わず金銭で払い戻すこともできるとされています。

つまり、相続人が承継する中心的な財産は、死亡脱退に伴う「持分払戻請求権」です。その払戻しが株式の交付で行われるか、金銭による精算で行われるかは、持株会規約・運営細則・取扱証券会社の運用によって決まる履行の方法の問題です。民法681条は金銭による払戻しを許容していますが、相続人が株式交付か金銭精算かを一方的に選べるとは限りません。

少数組合員方式の場合

一部の者だけが組合員となる少数組合員方式では、参加者が正式な組合員とは限らないため、民法の組合の規定がそのまま当てはまるとは限りません。死亡時に承継される契約上の請求権を、持株会規約・制度約款にもとづいて確認します。

脱退日は死亡日、給付内容は後日確定することがある

全員組合員方式では、次の3つを分けて考えます。

• 民法上の脱退日：会員の死亡日
• 持分計算の原則的な基準：脱退（死亡）のときの組合財産の状況（民法681条）
• 実際の株数・売却価格・配当再投資・端数売却などの事務処理：規約や未了事項の処理により後日確定することがある

「死亡日（脱退日）」と「持株会事務局が処理を確定する日」を分けて考え、規約でどの基準によるかを確認してください。

日証協ガイドラインは一般退会のルール——死亡時は規約を優先確認

まず前提：以下は「退会者本人の申出」を想定した一般退会のルール

以下の日本証券業協会のガイドラインの処理は、退会者本人が手続きを行う一般退会を想定したものです。特に売買単位未満の持分については、時価売却・現金精算のほか、臨時拠出による単元化や株式累積投資口座への移管が退会者本人の申出を前提として定められています。死亡した本人は申出も臨時拠出もできないため、相続人が同じ選択を当然にできるわけではありません。死亡の場合の株式交付・現金精算・単元化の可否は、持株会規約と事務局・取扱証券会社の案内を優先して確認してください。

一般退会での処理（参考）

• 売買単位相当の持分：退会者名義への書換え等（株式として受け取る）
• 売買単位未満の持分：時価での売却・現金精算／臨時拠出による単元化／対応する場合は株式累積投資口座への移管
• 1株未満の端数持分：現金で処理

「売買単位未満の持分」と「1株未満の端数」は別物

混同しやすいのが次の3区分です。持株会内では会員が個別の株式を直接保有していないため、厳密には株式交付前は「持分」として捉えます。

1単元に満たない売買単位未満の持分（株式交付後は単元未満株式）と、整数1株にも満たない端数持分（0.5株など）は、扱いも精算方法も異なります。まとめて「端数」と考えず、区別して把握し、相続人が必ず株式で受け取れる・単元化できるとは限らない（現金精算になる場合もある）ことを前提に、事務局へ確認します。

手続きの流れ・必要書類と、移管先の口座・協議書の書き方

まず勤務先の持株会事務局へ連絡する

手続きの窓口は、証券会社ではなく勤務先（またはグループの持株会運営会社）の持株会事務局です。まず総務・人事や持株会事務局へ連絡し、運営方式・現在の持分・上場か非上場か・死亡時の退会と精算の方法を確認します。

必要書類は「規約・運営方式・取得原因」によって変わる

必要書類は、持株会規約、運営方式、遺言の有無、遺産分割の有無、相続人数、株式交付か現金精算かの別、証券会社の運用によって異なります。「共通して戸籍一式と印鑑登録証明書が必ず必要」と決めつけず、持株会事務局から案内された、戸籍・法定相続情報一覧図・遺言書・遺産分割協議書・代表者指定書・委任状・印鑑登録証明書等を準備します。手続きの過程で、相続人本人からの申出や、相続人名義の証券口座の開設を求められる場合があります。

移管先の口座区分は一律に断定できない

株式として受け取る場合、その移管先が一般口座・特定口座・株式累積投資口座のいずれになるかは、持株会、取扱証券会社、株式の種類、取得価額情報の連携ができるか、相続手続の方法によって異なります。口座開設の前に、指定される証券会社・利用できる口座区分・取得価額データの引継ぎの可否を確認してください。

遺産分割協議書は「請求権」を特定して記載する

死亡時に株式交付か金銭精算かが決まっていない段階で、単に「○○株式会社株式○株を相続人甲が取得する」と書くと、実際の相続財産とずれることがあります。持株会規約と事務局の回答にもとづいて、「被相続人が○○従業員持株会について有していた、死亡脱退に伴う持分払戻請求権・株式引渡請求権・退会精算金請求権その他一切の権利」を特定して記載すると、後の手続きが安定します。行政書士は、戸籍に基づく相続関係資料の整理と、こうした遺産分割関係書類・提出書類の準備を担い、段取りを支援します。

取得費と相続税評価——「取得した権利の内容」で決まる

取得費——株式が交付され、その株式を売る場合の説明

以下の取得費の説明は、死亡退会後に相続人へ株式が交付され、その株式を後日売却する場合を前提とします。引き出した株式を売却したときの取得費は、原則として被相続人が取得したときの価額（簿価）を引き継ぎます。投資等報告書や退会（引出）精算書に簿価単価が記載されている場合は、その金額を取得費計算の基礎にできます。記載がなければ拠出金額÷取得株式数で確認する、資料がなければ名義書換日の相場による方法も検討する、といった対応になります（株式分割・併合・合併等があれば取得費を調整、複数回購入は総平均法に準ずる方法、5％概算は資料確認後の代替）。取得費の考え方は国税庁「従業員持株会を通じて取得した株式の取得費等」や国税庁「No.1464 譲渡した株式等の取得費」で確認できます。一方、持株会が持分を売却し、相続人が退会精算金（金銭）を受け取る場合は、同じ処理になるとは限らないため、所得の発生時期・所得区分・取得価額を税理士へ確認してください。

取得費加算の特例（譲渡所得のみ）

相続・遺贈で取得し相続税が課税された財産を、相続開始日の翌日から、相続税の申告期限の翌日以後3年を経過する日までに譲渡した場合は、納めた相続税額の一部を取得費に加算できる取得費加算の特例を使える場合があります（譲渡所得にのみ適用。国税庁「No.3267」）。

相続税評価は「死亡時に存在した権利」を特定してから判断する

上場会社の持株会だからといって、すべて上場株式の評価方法によると決めつけないことが大切です。全員組合員方式では死亡時点で既に脱退しており、相続財産が当然に「株式そのもの」になるとは限りません。持株会規約を確認し、相続開始時に相続人が取得した権利を特定したうえで、次の方向で確認します。

国税庁「No.4632 上場株式の評価」は実際の上場株式の評価方法を定めたもので、持分払戻請求権等へ当然にそのまま適用できるとは限りません。実際に上場株式を承継する権利が確定する場合は同方法（死亡日の終値と、死亡月・前月・前々月の各月平均終値のうち最も低い価額）によります。上場株式の評価の考え方は関連解説（税理士法人トゥモローズ）「上場株式の相続税評価と注意点を徹底解説！」で解説されています。評価・申告は税理士の領域です（相続税の申告期限は、自己のために相続の開始があったことを知った日の翌日から10か月以内です）。

持株会の加入・残高の調べ方と、専門家の役割分担

加入・残高の手掛かり（主な資料）

従業員持株会の加入や残高は、次のような資料が主な手掛かりです。

• 給与明細・賞与明細の「持株会」「持株会拠出金」などの控除
• 投資等報告書・持分残高通知／退会（引出）精算書
• 持株会だより・社内ポータルの資産形成制度の案内
• 持株会会員番号／持株会事務局・人事総務からの通知
• 持株会の取扱証券会社から届く資料

配当金計算書・議決権行使書は「持株会加入の証拠」ではない

持株会では議決権は理事長が行使し（会員は不統一行使を指示できる仕組み）、配当金も理事長が一括受領・管理します。そのため、被相続人個人宛ての配当金計算書・議決権行使書がある場合は、持株会ではなく、被相続人名義の証券口座や、信託銀行の特別口座（持株会とは別制度）の株式である可能性が高いので、そちらを確認してください。

役割分担

• 退会・持分の計算・株式の移管・端数の精算：持株会事務局・証券会社
• 株式・持分・請求権の帰属に争いがある場合：弁護士
• 相続税評価・譲渡所得・修正申告：税理士
• 戸籍収集・戸籍に基づく相続関係資料の整理・遺産分割関係書類や提出資料の準備：行政書士

行政書士は書類準備と照会の面から支援し、株式の移管や資金の回収を保証するものではありません。退職済みで、すでに個人の証券口座へ引き出されている場合は、通常の証券口座の相続手続きになります。財産全体の調べ方は相続財産の調べ方の記事もご覧ください。

よくある質問（FAQ）

Q1. 退職した親の持株会がありました。株式はいまどこにありますか？

A. 退職のときに持株会を退会し、株式を個人の証券口座へ引き出しているか、退職者持株会として継続していたかで変わります。すでに引き出していれば、被相続人名義の証券口座にあるため、通常の証券口座の相続手続きになります。まだ持株会に残っていれば、勤務先の持株会事務局へ連絡し、運営方式・現在の持分・死亡退会と精算の方法を確認します。給与明細の持株会拠出金、投資等報告書、持分残高通知、持株会だよりなどが手がかりです。死亡脱退で承継するのは中心的には持分払戻請求権で、株式で受け取れるか金銭精算になるかは規約と証券会社の運用によって異なります。

Q2. 端数の持分は、買い増して株式で受け取れますか？

A. 一般の退会者本人であれば、臨時に拠出して売買単位（通常100株）にそろえたり、対応する証券会社なら株式累積投資口座へ移したりできる場合があります。しかし、これは退会者本人の申出を前提としたルールで、死亡による退会では本人が申出も臨時拠出もできません。そのため、相続人が買増しで単元化できるか、株式で受け取れるかは、持株会規約と取扱証券会社の運用によって異なります。必ず株式で受け取れるとは限らず、売買単位未満の持分や1株未満の端数は現金で精算されることもあります。売買単位未満の持分（株式交付後は単元未満株式）と1株未満の端数は扱いが違うため、事務局に区別して確認してください。

Q3. 相続税の評価は、上場会社なら上場株式の評価でよいですか？

A. 上場会社の持株会でも、一律に上場株式の評価と決めつけないほうが安全です。全員組合員方式では死亡時点で既に脱退しており、相続財産が当然に株式そのものになるとは限りません。まず持株会規約を確認し、相続開始時に取得した権利が、死亡脱退に伴う持分払戻請求権なのか、株式交付が確定した請求権なのか、金銭による退会精算金請求権なのかを特定します。国税庁No.4632は実際の上場株式の評価方法であり、持分払戻請求権へ当然にそのまま適用できるとは限りません。金銭で精算される部分は金銭債権として、非上場は取引相場のない株式の評価により把握します。評価・申告は税理士の領域です。

Q4. 持株会に入っていたか分かりません。調べられますか？

A. 手がかりを集めて勤務先へ照会する方法があります。まず、給与明細・賞与明細に「持株会」の拠出金の天引きがないか、投資等報告書・持分残高通知・持株会だよりが届いていないか、持株会会員番号の記載がないかを確認します。勤務先が分かれば、総務・人事や持株会事務局へ相続人として連絡し、在職・退職の状況や現在の持分を確認します。なお、被相続人個人宛ての配当金計算書や議決権行使書は、持株会ではなく個人名義の証券口座・特別口座のものである可能性が高いため、そちらもあわせて確認してください。

相続手続きの料金プランとサポート内容の全体像は、こちらにまとめています。

まとめ

給与から毎月天引きされていた従業員持株会の株式は、証券会社に自分名義の口座で持つ通常の株式とは、相続の考え方も引き出しの段取りも異なります。株式は理事長名義でまとめて管理され、議決権行使も配当受領も理事長が一括して行い、会員は持分（株数）を持ちます。

会員資格そのものは通常引き継がれません。全員組合員方式では会員の死亡により組合から脱退し（民法679条）、相続人は死亡脱退に伴う持分払戻請求権を承継します（民法681条）。その払戻しが株式の交付か金銭精算かは履行の方法の問題で、持株会規約と取扱証券会社の運用によって決まり、相続人が一方的に選べるとは限りません。日証協ガイドラインの退会処理は退会者本人の申出を前提とするため、死亡時は規約を優先して確認します。

取得費は、株式が交付されその株式を売る場合に投資等報告書・退会精算書の簿価単価が基礎になります（金銭精算の場合は別）。相続税評価は、死亡時に取得した権利（持分払戻請求権・株式交付が確定した請求権・退会精算金請求権等）を特定してから判断し、No.4632は実際の上場株式の評価であって持分払戻請求権へ当然適用できるとは限りません。評価・申告は税理士、帰属の争いは弁護士、退会・移管・精算は持株会事務局と証券会社が行い、行政書士は戸籍収集・相続関係資料の整理・提出書類の準備を担います。

行政書士法人トゥモローズは、東京・八丁堀（東京メトロ日比谷線「八丁堀駅」徒歩3分）の事務所を拠点に、首都圏（東京・神奈川・埼玉・千葉）とオンライン（Google Meet・全国対応）で、従業員持株会を含む有価証券の相続について、戸籍に基づく相続関係資料の整理・遺産分割関係書類の作成・持株会事務局や証券会社へ提出する資料の準備を、相続人からの委任と各持株会・証券会社の取扱いに応じて支援します。持分払戻請求権・株式の評価・相続税の申告は税理士法人トゥモローズと連携して対応します。

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根拠法令・公的資料

• 民法667条（組合契約）・679条（組合員の脱退／死亡は脱退事由）・681条（脱退した組合員の持分の払戻し・金銭による払戻し）
• 日本証券業協会「持株制度に関するガイドライン」（2025年6月12日改正。全員組合員方式・少数組合員方式、退会者本人の申出を前提とした退会時の処理、議決権の不統一行使等）
• 会社法188条以下（単元株制度・単元未満株式）／日本取引所グループ「単元未満株式」
• 社債、株式等の振替に関する法律（振替制度による株式の管理）
• 民法896条（相続の一般的効力）・遺産分割
• 相続税法27条（申告期限＝自己のために相続の開始があったことを知った日の翌日から10か月以内）／租税特別措置法39条（取得費加算）／国税庁No.4632（上場株式の評価。実際の上場株式が対象）※評価・申告は税理士
• 参考：国税庁「従業員持株会を通じて取得した株式の取得費等」・No.1464（取得費）・No.3267（取得費加算）

公的機関・根拠リンク

• 民法（e-Gov法令検索）
• 会社法（e-Gov法令検索）
• 社債、株式等の振替に関する法律（e-Gov法令検索）
• 上場株式の評価（国税庁 No.4632）
• 行政書士法（e-Gov法令検索）