土地建物を売ったときの税金（譲渡所得）の計算方法を徹底解説｜相続不動産の売却にも対応

土地建物（不動産）を売却して利益が出た場合には、その利益に対して所得税・住民税・復興特別所得税がかかります。また、サラリーマン以外の自営業者や年金生活者などは、売却した年の翌年の健康保険料・介護保険料・後期高齢者医療保険料などの社会保険料にも影響します。

本記事では、土地や建物を売ったときの譲渡所得の計算方法について、相続税申告に専門特化したトゥモローズが具体例とともに徹底解説します。相続した不動産を売却するケースで特に問題となる「取得費加算の特例」「空き家特例」などの論点も網羅していますので、相続不動産の売却を検討中の方もぜひ最後までお読みください。

1. 譲渡所得の計算方法

譲渡所得の計算式は下記の通りです。

各計算要素について詳しく解説します。

（1）収入金額

収入金額とは、不動産を売却したことにより買主から受け取った金額のことです。売却代金だけでなく、それに付随する金銭や金銭以外で受け取った経済的利益も収入金額に該当する可能性があります。以下、項目ごとに収入金額に含めるべきか否かを解説します。

① 固定資産税精算金

収入金額に含める

【解説】
固定資産税は1月1日の所有者に1年分が賦課されます。年中に不動産を売却したとしても市区町村は固定資産税の精算をしてくれません。したがって、売主と買主の間で精算することとなります。

具体的には、売主が支払った1年分の固定資産税のうち、譲渡日から年末までの買主が負担すべき期間にかかる固定資産税を買主から売主へ支払います。この支払を受けた固定資産税相当額は譲渡収入に含める必要があります（国税庁タックスアンサーNo.1440でも明示）。

② 管理費精算金

収入金額に含めない

【解説】
マンションを売却した場合に、売主が負担した管理費を精算することがあります。この管理費の精算金は、譲渡収入に含める必要はありません。

③ 修繕積立金精算金

収入金額に含めない

【解説】
マンションを売却した場合に、売主が負担した修繕積立金を精算することがあります。この修繕積立金の精算金は、管理費精算金と同様に譲渡収入に含める必要はありません。

④ 債務免除益（代物弁済）

収入金額に含める

【解説】
売主が買主に1,000万円の借入金がある状況で、時価1,500万円の土地を買主に売却し、借入金1,000万円を免除してもらうとともに500万円の現金を受け取ったとします。この場合の収入金額は、実際に受け取った500万円ではありません。

免除してもらった1,000万円も収入金額に含める必要があります。これを代物弁済といいます。お金ではなく物で返済するため代物弁済です。したがって、実際に受け取った現金500万円と債務免除益1,000万円の合計1,500万円が譲渡所得計算上の収入金額となります。

（2）取得費

取得費とは、売却した不動産を取得するために支払った費用のことです。取得費には、購入代金、建築代金、購入手数料、改良費、設備費などが含まれます。

建物の取得費は、購入代金や建築代金そのものではなく、保有期間中の減価償却費相当額を差し引いた金額となる点に注意が必要です。

取得費（譲渡所得）をわかりやすく徹底解説！

取得費が不明な場合の概算取得費

古くから所有していた不動産を売却する場合、購入時の契約書や領収書がなく取得費が分からないケースがあります。この場合は収入金額の5%を概算取得費として計上することができます。

例えば、3,000万円で売却した不動産の取得費が不明であれば、3,000万円×5%＝150万円を取得費として計算します。実際の取得費が判明している場合でも、それが概算取得費（5%）を下回る場合は概算取得費を選択することが可能です。

概算取得費を使わずに市街地価格指数等で取得費を推計できる可能性もあります。

譲渡所得の取得費　本当に市街地価格指数で大丈夫？！

相続税の取得費加算の特例

相続により取得した不動産を相続税申告期限から3年以内に売却した場合、支払った相続税の一部を取得費に加算できる特例があります。これにより譲渡所得が圧縮され、所得税・住民税の負担を抑えられます。相続不動産売却の節税で必須の論点です。

相続税の取得費加算の特例をわかりやすく徹底解説

（3）譲渡費用

譲渡費用とは、不動産を売るために直接かかった費用をいいます。

具体的には下記が譲渡費用に該当します。

一方、修繕費・固定資産税・住宅ローン抵当権抹消費用などは譲渡費用には該当しません。

譲渡費用の詳しい解説は、譲渡費用とは？　項目ごとに該当するかどうかを一覧解説をご参照ください。

（4）特別控除額

特別控除額とは、一定の不動産を譲渡した場合に、取得費や譲渡費用以外に実際には支払っていない金額を特別にマイナスできる特例制度のことです。

主な特例制度と特別控除額は下記の通りです。

※空き家特例は令和5年度税制改正により、令和6年1月1日以降の譲渡で相続人が3人以上いる場合は2,000万円に縮減されています。また、適用期限が令和9年12月31日まで延長されています。

※土地建物の譲渡所得から差し引く特別控除額の最高限度額は、年間の譲渡所得全体を通じて5,000万円です。

2. 税額の計算方法

譲渡所得の計算ができたら、次は税額の計算です。

（1）分離課税の概要

所得税と住民税は、1年間の収入から経費を差し引いた利益に一定の割合を乗じて計算します。収入には、給与、配当、不動産賃料、事業収入等のあらゆるものが該当します。もちろん、不動産の売却収入も収入に該当します。

ただし、不動産の売却収入は、他の収入とは区分して個別に計算します。これを分離課税といいます。これに対し、給与、配当、不動産賃料、事業収入等は、すべて合算して計算します。これを総合課税といいます。

（2）長期譲渡所得と短期譲渡所得の税率

不動産を譲渡したときの分離課税の税率は、その所有期間に応じて下記の通りです。復興特別所得税（所得税額の2.1%）も含めた合計税率を記載しています。

長期譲渡所得とは、譲渡した年の1月1日時点において5年を超えて保有していた場合に適用されます。短期譲渡所得とは、譲渡した年の1月1日時点において5年以下の保有期間だった場合に適用されます。

なお、復興特別所得税は平成25年から令和19年（2037年）までの時限措置です（東日本大震災復興特別措置法）。

（3）相続不動産の所有期間判定

相続により取得した不動産の所有期間は、被相続人（亡くなった人）の取得日を引き継ぎます。これは譲渡所得の重要論点で、相続発生後すぐに売却しても、被相続人が長期間保有していた不動産であれば長期譲渡所得（20.315%）が適用されます。

相続不動産売却の流れの全体像は正しい流れを理解しミスを回避！相続不動産売却の流れ8つのステップをご参照ください。

（4）10年超所有の居住用財産の軽減税率

長期譲渡所得のうち、所有期間が10年を超える居住用不動産を譲渡した場合には、下記の軽減税率が適用されます。

この軽減税率は居住用財産の3,000万円特別控除と併用可能です。マイホームを長期保有していた方には大きな節税効果があります。

（5）税額計算の具体例

取得費1,500万円・譲渡費用150万円のマイホーム（所有期間10年超）を5,000万円で売却し、3,000万円特別控除を適用した場合の税額計算は下記の通りです。

3. 譲渡所得のその他の重要論点

（1）収入の計上時期

譲渡所得をいつの年度で申告すべきか悩むことがあります。例えば、令和3年12月に売買契約を締結して、令和4年1月に引渡し（残金決済）があったとします。この譲渡所得の申告は、令和3年の確定申告（令和4年3月15日まで）なのか、令和4年の確定申告（令和5年3月15日まで）なのか、1年も異なります。

結論としては、原則は引渡し日（残金決済日）の収入として確定申告をします。ただし例外的に、契約日の収入として申告することも認められています（所得税基本通達36-12）。すなわち、納税者が有利に選択できるのです。

例えば、年末に売買契約をして翌年に引き渡したケースで、その年の他の不動産の譲渡所得と通算したい場合は契約日基準を選択できます。

（2）法定相続分の登記後の換価分割

遺産分割協議に基づかない法定相続分による所有権保存登記がされることが実務上たまにあります。とりあえず第三者に対抗するために登記だけしておこうという場合や、取得割合は決まっていないが売却することだけは決まっている場合などにこのような手法が取られます。

この場合において、その法定相続分と異なる割合で収入金額を分配したときの所得税の確定申告と贈与税の取扱いが問題となります。

結論としては、所得税の申告時点までに換価割合の分割協議が済んでいるならば、その換価割合に応じて所得税の確定申告をします。すなわち、登記上の割合と異なる割合で分割協議が済んだ場合には、その分割協議の割合で収入金額を各人に分配するのです。

この場合、登記簿だけ見ると贈与税が課税されるかと思われるかもしれませんが、贈与税の課税はありません。

遺産分割と譲渡所得の関係は代償分割と換価分割　相続税や所得税の違いを徹底解説もあわせてご参照ください。

（3）土地と建物を一括譲渡した場合

譲渡所得の計算はその財産の種類ごとに計算します。例えば、土地と建物を一括譲渡した場合には、土地と建物ごとに区分して計算します。したがって、土地と建物を一括譲渡した場合には、収入金額を土地と建物に分配する必要があります。

売買契約書に土地と建物が区分されていればその区分に従って収入金額を認識します。区分されていないときは、固定資産税評価額等の時価の比によって按分します。

詳しい解説は、土地と建物を一括取得した場合の取得費の按分と同じロジックですので、取得費（譲渡所得）をわかりやすく徹底解説！をご参照ください。

（4）共有不動産を譲渡した場合

共有持分の不動産を譲渡した場合、各共有者がそれぞれの持分に応じて譲渡所得を計算し、各自で確定申告を行います。3,000万円特別控除も各共有者ごとに適用可能なため、夫婦共有の自宅を売却すれば最大6,000万円の控除が受けられます。

4. 主な譲渡所得の特例制度

（1）居住用財産（マイホーム）の3,000万円特別控除

自分が住んでいる家屋またはその敷地を売却した場合、譲渡所得から最高3,000万円を控除できる制度です。所有期間の長短は問いません。

主な要件:

詳しくはマイホーム（居住用財産）を売却したときの3,000万円特別控除を徹底解説をご参照ください。

（2）相続空き家の3,000万円特別控除（空き家特例）

相続または遺贈により取得した被相続人居住用家屋またはその敷地を売却した場合、譲渡所得から最高3,000万円（相続人3人以上の場合は2,000万円）を控除できる制度です。

令和5年度税制改正で適用期限が令和9年12月31日まで延長され、譲渡後・翌年2月15日までに買主が耐震改修工事または取壊しを行う場合も適用対象に拡充されました。

詳しくは相続した空き家を売ったときの3,000万円特別控除（空き家特例）を徹底解説、空き家特例と小規模宅地特例の比較は【空き家の3,000万円控除】と【小規模宅地の特例】の要件を徹底比較をご参照ください。

（3）相続税の取得費加算の特例

相続税申告期限の翌日から3年以内に相続不動産を売却した場合、支払った相続税のうち一定額を取得費に加算できる制度です。譲渡所得を圧縮し、所得税・住民税を抑えられます。

詳しくは相続税の取得費加算の特例をわかりやすく徹底解説をご参照ください。

5. よくある質問

Q1　譲渡所得が出た場合、確定申告は必要ですか？

必要です。給与所得者で他に確定申告する事項がない方でも、不動産の譲渡所得が発生した場合は翌年2月16日から3月15日までに確定申告が必要です。譲渡損失（マイナス）の場合でも、損益通算や繰越控除を受けるためには確定申告が必要となるケースがあります。

Q2　取得費が分からない場合はどうすればよいですか？

収入金額の5%を概算取得費として計上できます。ただし、購入時の通帳の振込履歴、住宅ローン契約書、不動産業者の販売資料、購入時の登記簿などから取得費を推認できる場合は実際の金額を使用したほうが有利になることが多いです。詳しくは譲渡所得の取得費　本当に市街地価格指数で大丈夫？！をご参照ください。

Q3　相続した不動産を売却した場合の所有期間はどう判定しますか？

被相続人（亡くなった方）の取得日を引き継ぎます。相続発生後すぐに売却しても、被相続人が5年超保有していた不動産であれば長期譲渡所得（20.315%）が適用されます。

Q4　3,000万円特別控除と取得費加算の特例は併用できますか？

居住用3,000万円特別控除と取得費加算の特例は併用可能です。一方、空き家特例（相続空き家の3,000万円特別控除）と取得費加算の特例は併用できません。どちらが有利か個別に検討する必要があります。

Q5　譲渡損失が出た場合に他の所得と通算できますか？

原則として、不動産の譲渡損失は他の所得（給与所得・事業所得など）とは通算できません。ただし、居住用財産の譲渡損失については一定要件のもとで損益通算・繰越控除が認められる特例があります。

Q6　売却益が出ても申告しなければバレないのでは？

バレます。法務局の登記異動情報・不動産業者からの支払調書などを通じて税務署は不動産取引を把握しており、無申告は無申告加算税（最大30%）＋延滞税の重いペナルティが課されます。必ず期限内に申告してください。

6. まとめ｜相続不動産の売却は専門税理士への相談がベスト

譲渡所得の計算は、収入金額・取得費・譲渡費用・特別控除のそれぞれに細かい論点があり、特例制度の選択次第で税額が大きく変わります。特に相続不動産の売却では、取得費加算の特例・空き家特例・小規模宅地特例の選択など、相続税と一体での節税設計が必要です。

◯譲渡所得＝収入金額－（取得費＋譲渡費用）－特別控除額
◯税率は長期20.315%・短期39.63%・10年超居住用14.21%
◯相続不動産は被相続人の取得日・取得費を引き継ぐ
◯取得費不明なら収入金額の5%を概算取得費として使用可
◯取得費加算特例で相続税の一部を取得費に加算可（要相続税申告期限+3年以内）
◯空き家特例は令和9年まで延長、相続人3人以上は2,000万円に縮減

7. 根拠法令・通達

• 所得税法第33条（譲渡所得）、第36条（収入金額）
• 租税特別措置法第31条（長期譲渡所得の課税の特例）、第32条（短期譲渡所得の課税の特例）
• 租税特別措置法第35条第1項（居住用財産の3,000万円特別控除）、第3項（空き家の3,000万円特別控除）
• 租税特別措置法第31条の3（10年超所有居住用財産の軽減税率）
• 租税特別措置法第39条（相続税の取得費加算の特例）
• 所得税基本通達36-12（譲渡所得の収入計上時期）
• 東日本大震災復興特別措置法（復興特別所得税）